Termin Bokashi ponekad može da stvori zabunu, jer on u EM svijetu ima nekoliko značenja. U suštini, u prevodu sa japanskog jezika, Bokashi znači „ispravno fermentisana organska materija“. Upravo je ključna riječ „ispravno“, jer kao što je poznato, ukoliko organska materija nikako nije tretirana, odnosno ako nije tretirana pravilno, vrlo brzo dolazi do njenog truljenja i negativnih posljedica za ekosistem.

Postoje četiri različita načina na koja se EM Bokashi može koristiti, i to kao:

1. fermentisani biljni materijal, kao što su pšenične ili pirinčane mekinje (posip);
2. kiseli ili fermentisani otpad od hrane koji koristi mekinje kao starter za fermentaciju;
3. zamjena za gnojivo, uz fermentaciju organskih materijala, uključujući stajnjak (kompost);
4. fermentisana hrana za stoku (silaža).

Devedesetih godina prošlog vijeka Bokashi se koristio samo za recikliranje otpada od hrane. Obično se pravio od pirinčanih ili pšeničnih mekinja fermentiranih pomoću EM – kulture efektivnih mikroorganizama™, uz dodatak melase šećerne trske i vode. Ovako dobijen hrskavi materijal naziva se Bokashi bran (posip) i koristi se za fermentaciju ostataka hrane iz domaćinstava i/ili ugostiteljskih objekata. Nakon njegove primjene u specijalnim kantama za kompostiranje, dobija se potpuno ekološki bezbjedna organska materija, bez neprijatnih mirisa, koja se može koristiti za obogaćivanje zemljišta i ishranu biljaka, tj. kao potpuno prirodno đubrivo. Pored toga, ovako tretirani ostaci hrane mogu se pomiješati sa drugom organskom materijom (ostaci biljaka, lišće, trava, usitnjene grane, stajnjak…), čime se dobija kompleksnije đubrivo, primjenjivo za sve biljne kulture.

Nakon 2000. godine EM Bokashi počinje da se primjenjuje u zemljoradnji kao posebna vrsta đubriva, koje služi za obogaćivanje zemljišta, i to naročito korisnim gljivicama. Mnogi proizvođači koriste Bokashi bran (fermentisane pšenične mekinje) kako bi se ubrzalo razlaganje biljnih ostataka na njivama i baštama, a ujedno sačuvale hranjive materije.

U velikim razmjerama, proizvodnja Bokashija slična je pravljenju silaže, fermentisane hrane koja se koristi uglavnom za stoku. Silaža se često pravi u bunkerima, gdje se dodaju tone materijala i inokuliraju mikrobima (bakterije mliječne kiseline i ponekad kvasac) i vodom. Na mliječnim farmama širom svijeta silaža se pravi kao dodatak hrani za stoku u zimskim mjesecima.

Isti proces se može koristiti i za pravljenje materijala koji će se primijeniti na poljoprivredno zemljište. Koriste se različite vrste zelenih ili poluzelenih biljnih materijala kojima se dodaju EM mikrobi; zatim se gomila prekriva plastičnom folijom ili drugim nepropusnim materijalom.

Fermentacija koja se nakon toga uspostavlja čuva sve hranljive materije, koje su bioraspoložive nakon završetka ovog procesa. Na taj način se dobija đubrivo koje se ne ispira, puno mikroba i njihovih metabolita, koje sadrži bogatstvo organske materije za izgradnju kvalitetnog zemljišta.

Dakle, bez obzira na to za koju se konkretno radnju koristi termin Bokashi, ukoliko su zadovoljeni svi uslovi primjene efektivnih mikroorganizama (EM tehnologije), može se reći da će dobijeni proizvod biti vrhunskog kvaliteta i potpuno bezbjedan i koristan za ljude, životinje, biljke i prirodu u cjelini.